Недостаточный охват конкретных наборов генов при секвенировании экзома дает повод для беспокойства

Исследователи проанализировали 44 набора данных экзома из четырех различных наборов для тестирования и показали, что они упустили большую часть клинически значимых регионов. По крайней мере, в одном гене в каждом методе экзома отсутствовало более 40 процентов болезнетворных генетических вариантов, а в наиболее эффективном методе отсутствовало более 90 процентов таких вариантов. Это означает, что существует значительная вероятность сообщения о ложноотрицательных результатах, говорят они.

Поскольку услуги, основанные на секвенировании экзома, становятся доступными для пациентов по разумной цене, вопрос качества получаемых результатов становится все более важным. Экзом – это последовательность ДНК генов, которые транслируются в белок. Эти белковые кодирующие области содержат большинство известных в настоящее время генетических мутаций, вызывающих болезни. Американский колледж медицинской генетики и геномики (ACMG) рекомендовал сообщать пациентам о клинически значимых случайных генетических находках в ходе клинического тестирования экзома. В частности, следует сообщать о мутациях 56 конкретных генов с известной клинической значимостью, даже если они не связаны с текущим состоянием здоровья пациента. Однако новое исследование, которое будет доложено на ежегодной конференции Европейского общества генетики человека (ESHG) сегодня (воскресенье), показывает, что секвенирование экзома, проводимое в настоящее время, не всегда дает высококачественные результаты при изучении подмножеств генов, таких как 56 генов ACMG.

Доктор Эрик Лондин, доцент Центра вычислительной медицины кафедры патологии, анатомии и клеточной биологии Университета Томаса Джефферсона, Филадельфия, США, расскажет участникам конференции, что анализ 44 наборов данных экзома из четырех различных наборов для тестирования показал, что они не достигли высокого уровня. доля клинически значимых регионов в 56 генах ACMG. "По крайней мере, в одном гене в каждом методе экзома отсутствовало более 40 процентов болезнетворных генетических вариантов, и мы обнаружили, что самый эффективный метод пропускал более 90 процентов таких вариантов в четырех из 56 генов," он говорит.

По словам исследователей, главный вопрос заключается не в том, как часто можно поставить клинический диагноз с помощью секвенирования экзома, а в том, как часто его упускают, и исследование ясно показывает, что существует высокий уровень ложноотрицательных результатов при использовании существующих наборов для секвенирования. "Мы обеспокоены тем, что, когда клинический анализ экзома не сообщает о вызывающем заболевание генетическом варианте, скорее всего, местоположение этого варианта не было проанализировано, а не ДНК пациента не содержит вызывающего заболевание варианта," говорит доктор Лондин. "В зависимости от метода и лаборатории значительная часть (более десяти процентов) экзома может быть непроверена, и это вызывает опасения относительно того, как результаты передаются пациентам и их семьям. "

В базе данных мутаций генов человека (HGMD) аннотировано 17 774 генетических варианта, вызывающих заболевание, для 56 генов, упомянутых в рекомендациях ACMG. Исследователи изучили охват наборов данных экзома для мест, где могут встречаться 17 774 болезнетворных варианта. Хотя наборы данных экзомов сопоставимы по качеству с другими опубликованными наборами клинических и исследовательских данных экзомов, охват участков, вызывающих заболевание, был очень неоднородным и часто недостаточным. Исследователи считают, что клинические лаборатории, которые реализуют рекомендации ACMG по отчетности, должны осознавать значительную возможность сообщения ложноотрицательных результатов.

Одним из потенциальных улучшений может стать использование методов клинического секвенирования экзома, разработанных для обеспечения максимального выхода всех клинически значимых генов. "Многие из используемых в настоящее время наборов экзома предназначены для предоставления очень широкого набора данных, включая геномные особенности, которые еще не имеют четко установленной клинической ассоциации. Существует необходимость в разработке новых наборов и методов, обеспечивающих адекватный и надежный охват генов с известными ассоциациями болезней. Если невозможно получить адекватную производительность в экзоме, следует изучить дальнейшее использование целевых панелей генов, специфичных для болезни," Доктор. Лондин говорит.

Исследование также показало, что наборы данных экзома, сгенерированные из небольшого количества данных последовательностей (менее шести гигабаз), работают намного хуже, чем наборы данных, созданные из большего количества данных последовательностей (более десяти гигабаз). Этот результат согласуется с предыдущими исследованиями, показывающими, что методы экзома не имеют линейной зависимости между сгенерированной последовательностью и нуклеотидным покрытием. Вместо этого должен быть достигнут минимальный порог данных секвенирования, прежде чем будет получено оптимальное покрытие нуклеотидов.

"Текущие согласованные и нормативные руководящие принципы не предписывают минимальные требования к данным для клинических тестов экзома. В результате, когда причинный вариант не может быть идентифицирован, это не обязательно означает, что вариант отсутствует, скорее, это может быть техническая проблема с используемой технологией экзома. Другими словами, клиническое исследование «всего экзома» не может быть «полезным» по охвату. Пациенты и их семьи должны быть осведомлены об этой проблеме и о последствиях геномных результатов клинического секвенирования экзома в его текущем состоянии," Доктор. Лондин закроет.

Блог Брикса