Чтобы уменьшить количество ложноположительных результатов при выявлении генетических вариаций, связанных с заболеванием человека, с помощью полногеномных ассоциативных исследований (GWAS), исследователи из Дартмута идентифицировали девять признаков, которые не зависят от значений P, для прогнозирования воспроизводимости однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), как сообщается в Human Genetics на 2 октября 2014 г.
Воспроизводимость SNP, основанная исключительно на значениях P, низкая. Анализ дартмутских авторов исследований GWAS, опубликованных в Nature Genetics, показал, что скорость репликации составляет 1-5%.
"Важно улучшить нашу способность выбирать SNP для проверки с использованием формализованного процесса. В этой статье мы предлагаем комбинацию признаков, улучшающих успех репликации," сказал первый автор Иван П. Горлов, доктор медицинских наук, доцент кафедры общественной и семейной медицины Медицинской школы Гейзеля в Дартмуте.
Команда присвоила значение от нуля или от одного до девяти различных предикторов. Чтобы вычислить показатель репликации (RS), нужно суммировать индивидуальные оценки для всех значимых предикторов. Предикторы включают "Онлайн-менделевское наследование в человеке" (OMIM, список генетически обусловленных заболеваний), рецепторы, киназы, факторы роста, факторы транскрипции, тканеспецифические, локализация плазматической мембраны, ядерная локализация и индекс разговора. Подробную информацию для построения РС авторы предоставили в дополнительных материалах к статье.
Показатель RS не является специфическим для заболевания, но показывает потенциал воздействия на заболевание человека. "Гены, связанные с заболеванием, имеют нечто общее," сказал Горлов. "И мы знаем, какие конкретные характеристики должны присутствовать, чтобы гарантировать репликацию SNP"
Горлов говорит, что эмпирическую модель можно использовать для выбора SNP для проверки и определения приоритетов. "Мы считаем, что приоритезация SNP на основе RS может дать рекомендации для более целенаправленного и эффективного подхода к обнаружению связанных с заболеванием SNP с небольшим размером эффекта," он заключил.