Исследование: Каталог вариаций ДНК помогает найти корни болезни

Огромный каталог ДНК человека помогает исследователям находить крошечные глюки, вызывающие болезни, отчасти за счет указания на некоторые ложные выводы.

База данных с генетическими кодами от более чем 60000 человек направлена ​​на исследование редких заболеваний, которые, как правило, вызваны одним неисправным геном. Большинство этих болезней настолько редки, что широкая публика никогда о них не слышала, но таких состояний тысячи, и как группа они затрагивают около 1 процента рождений.

Более точная идентификация генетической причины болезни человека обеспечивает "очевидная и прямая польза для пациентов," сказал Дэниел Макартур из Института Броуда в Кембридже, Массачусетс, и Массачусетской больницы общего профиля в Бостоне.

Он является старшим автором анализа, опубликованного в среду в журнале Nature исследователями, которые составили базу данных, которая основана на данных ДНК из более чем двух десятков исследований болезней. Он был запущен в Интернет в 2014 году, и с тех пор к нему обращались более 5 миллионов раз, сказал он.

Для редких заболеваний врачи пытаются найти генетическую причину, анализируя ДНК пациента. Но у каждого есть десятки тысяч минутных отличий от стандартного кода ДНК, и цель состоит в том, чтобы найти, от одного или двух из них человека заболевает.

Исследователи часто делают это из-за вины по ассоциации. Если вариация обнаруживается у пациента, но никогда не наблюдается или крайне редко у других, ее можно рассматривать как причину заболевания.

Задача состоит в том, чтобы получить достаточно ДНК от широкой публики. Если выборка слишком мала или недостаточно обширна для различных групп населения, вариант может быть ошибочно признан причиной проблем пациента. Лучшая выборка может показать, что этот вариант действительно встречается у здоровых людей достаточно часто, чтобы никого не заболеть.

По словам Макартура, ложные сведения могут навредить уходу за пациентом, в том числе в некоторых случаях пропустить лечение.

Пример такого "генетический ошибочный диагноз" был представлен в среду в независимом исследовании, опубликованном в Медицинском журнале Новой Англии. В нем основное внимание уделялось наследственному заболеванию, называемому гипертрофической кардиомиопатией, которое приводит к утолщению сердечной мышцы и может мешать перекачиванию крови.

Изучив трехлетние записи испытательной лаборатории, выяснилось, что семи пациентам сказали, что у них есть один из двух вариантов ДНК, которые были связаны с болезнью сердца. Оба варианта позже были классифицированы как доброкачественные.

По крайней мере пять пациентов были африканского происхождения. Исследователи из Гарварда заявили, что если бы первоначальные исследования этих вариантов включали в свои выборки достаточное количество чернокожих американцев, они, вероятно, не пришли бы к неправильному выводу.

Они сказали, что новый каталог ДНК, получивший название ExAC, хорошо оборудован, чтобы избежать подобных ошибок. Он обеспечивает гораздо более полную коллекцию вариаций ДНК, чем это было доступно в прошлом. Перечисленные примерно 10 миллионов крошечных вариаций принадлежат людям европейского, африканского, южноазиатского, восточноазиатского и латиноамериканского происхождения.

В отдельном исследовании, опубликованном в среду журналом Genetics in Medicine, британские авторы использовали данные ExAC, чтобы поставить под сомнение недавние сообщения о причастности некоторых генов к гипертрофической кардиомиопатии и второму заболеванию сердечной мышцы.

Анализ в Nature предоставил еще один пример того, как ExAC может указывать на прошлые ошибки. Исследователи изучили 192 варианта ДНК, которые были связаны с заболеваниями, но которые, как показал ExAC, были настолько распространены среди населения в целом, что эти связи казались ложными.

Исследователи обнаружили, что по стандартным критериям не менее 163 должны быть переклассифицированы как доброкачественные или, вероятно, доброкачественные. По данным исследователей, по состоянию на декабрь прошлого года 126 человек были реклассифицированы. Это, вероятно, отражает влияние базы данных ExAC, сказал Макартур

Но для того, чтобы надежно связать генетические вариации с заболеванием или исключить их, потребуются базы данных даже большего размера, чем ExAC, сказал он. "Нам предстоит долгий путь," он сказал.

Джей Шендур, эксперт по генетике из Вашингтонского университета в Сиэтле, который не участвовал в новой работе, сказал, что каталог ExAC предлагает преимущества по сравнению с предыдущими базами данных. Есть "небольшое сомнение" что это ускорит и улучшит поиск причин болезней и генетических аспектов ухода за пациентами, – написал он в комментарии к журналу Nature.

1 комментарий к “Исследование: Каталог вариаций ДНК помогает найти корни болезни”

Оставьте комментарий