Ученые, секвенирующие образцы вируса из первых подтвержденных случаев COVID-19 в Шотландии, определили множественные интродукции, в основном из европейских стран, таких как Италия, Австрия и Испания, и показали, что первые интродукции вируса в Шотландии, вероятно, произошли до первого подтвержденного случая в стране. дело 1 марта.
Чтобы предоставить своевременную информацию в этот критический период, это исследование было опубликовано на medRxiv, а также полное предпечатное исследование. Следует отметить, что результаты еще не прошли экспертную оценку.
Изучив полные последовательности генома SARS-CoV-2, вируса, вызывающего COVID-19, исследователи обнаружили, что вирус был занесен не менее 113 раз в течение первых четырех недель вспышки в Шотландии, в основном из других европейских стран. Подтвержденное появление SARS-CoV-2 в Шотландии, связанное с путешествиями, предшествовало введению ограничений на поездки в Великобританию и обширных ограничений в других европейских странах.
Некоторые из предполагаемых интродукций вируса не были связаны с зарегистрированными поездками, поэтому авторы приходят к выводу, что несколько ранних интродукций вируса не были обнаружены и быстро установили передачу от сообщества в Шотландии. С 11 марта, через 10 дней после первого выявленного случая, произошел резкий сдвиг от передачи инфекции, связанной с путешествием, к устойчивой передаче в сообществе.
В ходе исследования изучалось появление вируса в Шотландии в марте. Исследователи получили полные последовательности генома у 466 человек с помощью технологии секвенирования нового поколения в режиме реального времени для 20% всех подтвержденных диагнозов болезни.
Эмма Томсон, профессор инфекционных заболеваний Центра вирусных исследований MRC Университета Глазго, сказала: "Наше исследование подтверждает, что SARS-CoV-2 проник в шотландское население через как минимум 113 отдельных случаев, связанных с путешествиями, что привело к нескольким кластерам устойчивой передачи в сообществе. Мы определили вирусные линии, не имеющие связи с путешествием, уже через три дня после первого обнаружения инфекции, что свидетельствует о более раннем проникновении в Шотландию и распространении среди населения до первого выявленного случая."
"Превращение континентальной Европы в эпицентр глобальной пандемии COVID явилось явной движущей силой шотландской вспышки, при этом большинство линий, обнаруженных в этом исследовании, связаны с европейскими последовательностями. Случаев со связями с Китаем и другими странами Юго-Восточной Азии сравнительно не выявлено."
"Скорость, с которой вирус распространился в Шотландии и Великобритании в целом после многочисленных занесений, в основном из других европейских стран, была чрезвычайно высокой. Возможно, более ранняя изоляция из стран с высоким уровнем заболеваемости, таких как Италия, и другие меры, такие как карантин путешественников из районов высокого риска, могли предотвратить эскалацию вспышки и множественные кластеры продолжающейся передачи инфекции в сообществе."
"Отслеживание нового коронавируса с помощью секвенирования и филоэпидемиологического анализа может помочь информировать о наших текущих ответных мерах и о влиянии вмешательств общественного здравоохранения в режиме реального времени и является инструментом, который можно использовать для понимания будущих вспышек инфекционных заболеваний такого характера."
Геномное секвенирование патогенов стало основным компонентом эпидемиологического ответа на вспышки вируса, например Эбола в Демократической Республике Конго или Зика в Южной и Центральной Америке. В этом исследовании исследователи из Центра вирусных исследований MRC-Университета Глазго, которые использовали эту технологию в Уганде, переключились на секвенирование вируса SARS-CoV-2 в Шотландии вместе с партнерами Национальной службы здравоохранения в Западном Шотландском специализированном центре вирусологии и Королевский лазарет Эдинбурга. Полученные данные дают ученым более глубокие знания о происхождении и передаче заболевания, и, анализируя распространение COVID-19 в Шотландии, информация о масштабах и распространении вируса может помочь в разработке целевых мероприятий общественного здравоохранения.
Профессор Томсон добавил: "По мере того, как количество случаев заболевания в Шотландии сокращается, наши данные о последовательности могут служить базой для определения последовательности текущих инфекций в реальном времени, что может выступать в качестве меры для политиков в отношении успеха текущих мер и способствовать ослаблению или ужесточению общественного контроля. меры по охране здоровья."
Доктор. Кейт Темплтон, клинический консультант Эдинбургского университета, сказала: "Внедрение этого подхода к секвенированию стало плодотворным сотрудничеством Университета Глазго и Университета Эдинбурга. Работа в Эдинбурге для этого исследования была возможна только благодаря совместной работе с учеными Университета и Национальной службы здравоохранения. Текущая работа зависит от вклада сотрудников клинических и диагностических лабораторий NHS по всей Шотландии. Их усилия помогли нам создать действительно общенациональную картину появления и продолжающегося распространения вируса и предоставят важную информацию, которая поможет политикам в том, как реагировать на эту пандемию."
За период отбора проб (с 28 февраля 2020 г. по 1 апреля 2020 г.) было выявлено 2310 положительных случаев COVID-19 (Scotland Open Data, статистика.правительство.шотландец). Эти подтвержденные инфекции были связаны с 1832 случаями госпитализации, 207 госпитализаций в реанимацию и 126 смертей.
Изучение, "Геномная эпидемиология в течение первого месяца распространения SARS-CoV-2 в Шотландии подчеркивает роль европейских путешествий в возникновении COVID-19," опубликовано в medRxiv.