В исследовании, изданном в журнале Virus Evolution, ученые из Отдела Оксфордского университета Зоологии показали, что Упорядочивание Следующего поколения и его связанные базы данных DNA онлайн могли использоваться в области вирусного открытия. Они разработали алгоритмы, которые обнаруживают ДНК от вирусов, которые, оказывается, находятся в крови рыбы или образцах ткани, и могли использоваться, чтобы определить вирусы в диапазоне различных разновидностей.Упорядочивание следующего поколения коренным образом изменило исследование геномики и в настоящее время используется, чтобы изучить и понять генетический материал.
Это позволяет ученым собирать огромное количество данных от единственного куска ДНК, которая тогда сопоставлена в огромный, онлайн, базы данных генома, которые публично доступны.Доктор Арис Кэцоуракис и доктор Амр Асвад, Научные сотрудники в Отделе Оксфорда Зоологии, первоначально обнаружили новое использование для базы данных, случайно. Ища древний вирус герпеса у приматов, они нашли доказательства двух новых недокументированных вирусов.
Поощренный их случайным открытием, они намереваются видеть, могли ли бы они намеренно достигнуть того же самого результата. В отдельном проекте найти новые заражающие рыбу вирусы герпеса, они использовали технику, чтобы исследовать больше чем 50 геномов рыбы на опознаваемую вирусную ДНК. Конечно же, в дополнение к вирусам герпеса они ожидали находить, исследователи определили отдаленное происхождение необычных вирусов – который может даже быть новой вирусной семьей. Черты были сочтены рассеянными во фрагментах 15 различных видов рыбы, включая семгу и радужную форель.
Чтобы подтвердить, что вирусными доказательствами не была просто счастливая случайность или ошибка обработки данных, они проверили дополнительные образцы из местного супермаркета и ресторана суши. Те же самые вирусные фрагменты были найдены в купленных образцах.Изучите автора доктора Ариса Кэцоуракиса от Отдела Оксфордского университета Зоологии, сказал: ‘В геноме лосося мы нашли то, что, кажется, полный и независимый вирусный геном, а также десятки фрагментов вирусной ДНК, которая объединялась в ДНК рыбы. Мы знаем от недавних исследований, что вирусы в состоянии объединяться в геном их хозяина, иногда оставаясь там в течение миллионов лет.
В этом случае похоже, что вирус, возможно, приобрел способность объединяться, крадя ген у самого лосося, который объясняет, как это стало настолько широко распространенным в геноме лосося’.Ключ к успеху этого исследования находится в его междисциплинарном подходе, объединяя методы от двух областей: эволюционная биология и геномика. Вместе, это в ядре новой области палеовирусологии – изучение древних вирусов, которые интегрировали их ДНК в того из их хозяев, иногда миллионы лет назад.
Каждая используемая техника была развита, чтобы проанализировать огромные количества данных о последовательности ДНК.Соавтор и Научный сотрудник в Отделе Оксфорда Зоологии и Колледже Св. Хильды, докторе Амре Асваде, сказали: ‘Обнаружение новых вирусов исторически склонялось к людям и животным, которые показывают симптомы болезни.
Но, наше исследование показывает, как полезная упорядочивающая ДНК следующего поколения может быть в вирусной идентификации. Многим вирусная ДНК в говорит, данные о шимпанзе или соколе – неприятность и загрязнитель жулика, который должен быть фильтрован от результатов.
Но мы считаем их возможностью, ждущей, чтобы эксплуатироваться, поскольку они могли включать новые вирусы, которые стоит изучить – поскольку мы нашли в нашем исследовании. Мы могли выбрасывать очень ценные данные’.Нахождение новых вирусов исторически не было легким процессом.
Клетки не растут самостоятельно, так должно быть культивировано в лаборатории, прежде чем они смогут быть проанализированы, который включает месяцы работы. Но Оксфордское исследование представляет серьезную возможность для будущего.
Вне этого исследования подход мог использоваться, чтобы определить вирусы в диапазоне различных разновидностей, особенно те, которые, как известно, питали передающуюся болезнь. Летучие мыши и грызуны, например, являются печально известными носителями инфекционного заболевания, для которого они на вид неуязвимы. Насекомые, такие как москиты являются также носителями вирусных заболеваний, которые вредят людям, таким как Зика.
Если применено эффективно метод мог бы раскрыть другие вирусы, прежде чем вспышка даже произойдет.Доктор Кэцоуракис добавил: ‘Одни из реальных преимуществ этой техники, по сравнению с более традиционными подходами вирусологии, являются скоростью открытия и отсутствием зависимости от идентификации больного человека.
Вирусные данные собрались, от которого можно иначе отказаться как неприятность, уникальный ресурс для поиска и патогенные и неопасные вирусы, которые иначе остались бы неоткрытыми’.Команда затем начнет определять воздействие вирусов и имеют ли они какие-либо долгосрочные последствия для болезни или коммерческое рыбоводство.
В то время как заразный вирус может не вызвать болезнь в своем естественном хозяине – в этом случае, рыба. есть риск передачи поперечных разновидностей или выращенной на ферме рыбе или дикому населению.Однако риск для людей минимален.
Доктор Арис Кэцоуракис сказал: ‘Поместите его этот путь, я не собираюсь прекращать есть сашими’.