Ученые из Центра наук о жизни (CLS) Сколтеха и их коллеги из Высшей школы экономики (НИУ ВШЭ), Научно-исследовательский институт гриппа им. Смородинцева (НИИ гриппа) в Санкт-Петербурге. Санкт-Петербург и Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН (ИППИ РАН) в Москве провели первое исследование геномной эпидемиологии COVID-19 в России. Исследователи провели генетический анализ 211 образцов вируса, взятых у пациентов в России в период с 11 марта по 23 апреля. Их результаты подтверждают предположение, что COVID-19 проник в Россию из Европы в конце февраля – начале марта.
Сейчас Россия занимает четвертое место в мире по количеству случаев COVID-19, хотя вспышка в России произошла позже, чем во многих соседних странах. Возможная причина в том, что Россия досрочно закрыла границу с Китаем. Однако только с помощью генетического анализа образцов вируса можно получить точные данные о распространении вируса и эффективности различных методов инфекционного контроля. Вирусы быстро мутируют, поэтому, изучая вирусные мутации и сравнивая последовательности вирусного генома, можно реконструировать эволюцию и распространение вируса в популяции.
Группа исследователей из ЦЛС Сколтеха, НИУ ВШЭ и ИППИ РАН под руководством профессора Сколтеха Георгия Базыкина изучила характер распространения COVID-19 в России на ранних этапах пандемии. Объединив генетические данные о штаммах, циркулирующих в России, с данными истории путешествий, ученые пришли к выводу, что вирусное разнообразие России является результатом по крайней мере 67 различных вирусов, завезенных в разные города России в конце февраля и начале марта. Выяснилось, что, в отличие от многих других стран, Россия заразилась вирусом из Европы, а не из Китая. Важно отметить, что многие ранние завезенные случаи COVID-19 не привели к передаче инфекции в России. Тем не менее, как минимум девять различных штаммов коронавируса, которые в настоящее время циркулируют в России, больше нигде не встречались. Отдельный анализ касается крупной вспышки COVID-19 в Российском научно-исследовательском институте травматологии и ортопедии им. Вредена в Санкт-Петербурге. Петербург, где в больнице института заразились более 400 человек. Было обнаружено, что вирусный штамм госпиталя Вреден впоследствии перебрался на территорию Санкт-Петербурга. Санкт-Петербург, вносящий вклад в общую эпидемиологическую ситуацию в городе.
"Дело не только в истории; геномная эпидемиология также помогает интерпретировать будущие события. Например, представьте, что Россия открывает свои границы, и количество дел начинает расти. Это совпадение или эти случаи вызваны недавно завезенным вирусом?? Сравнивая геномы новых и старых вирусов, мы сможем сказать:," объясняет профессор Базыкин.