Международное сотрудничество исследователей разработало вычислительный метод для идентификации паразитов малярии, когда они перемещаются по миру со своими человеческими хозяевами, что является ключом к измерению воздействия кампаний по ликвидации.
Под руководством профессора Мельбурнского университета Карен Дэй, заведующей лабораторией Института инфекций и иммунитета Питера Доэрти (Институт Доэрти) и Bio21, команда собрала паразитов из 23 мест в 10 странах.
Малярия – самое смертоносное паразитарное заболевание в мире, от которого ежегодно умирают более полумиллиона человек. Этому препятствует лекарственная устойчивость, и первая недавно разработанная вакцина предлагает лишь частичную защиту.
Команда секвенировала ДНК паразитов от 1248 пациентов, инфицированных малярией, и создала глобальную базу данных из 32682 вариантов генов поверхностных антигенов, чтобы отследить до странового уровня, откуда произошли паразиты. Результаты 10-летнего проекта опубликованы в PLOS Genetics.
"Что касается малярии, нам приходится иметь дело с десятками тысяч вариантов в одной эндемичной зоне. Эта база данных является значительным шагом вперед в отслеживании этих вариантов и понимании того, как малярия распространяется по миру," Профессор Дэй сказал.
"В результате мы можем отслеживать современные модели миграции паразитов экономически эффективным способом без необходимости секвенировать весь геном. Подпись прошлого очень хорошо видна в том, что мы обнаружили, но теперь мы можем видеть, изменится ли что-нибудь. Это дает нам еще одно окно в то, как мы можем адаптировать геномику паразитов для информационного надзора за малярией."
Профессор Дэй сказал, что эти эволюционные открытия имеют трансляционное значение в обеспечении диагностической основы для географического надзора за малярией.
"Это также может помочь понять наличие или отсутствие иммунитета глобального, регионального и местного населения к конкретным вариантам," она сказала.
"Нашим следующим шагом будет расширение нашей базы данных в Азиатско-Тихоокеанском регионе с привлечением большего числа сотрудников и возможностей для регионального обучения."
Пример того, к чему стремятся профессор Дэй и ее исследовательская группа, аналогичен «FluNet», глобальному веб-инструменту для эпиднадзора за гриппом, разработанному Всемирной организацией здравоохранения.
"Однако, учитывая, что малярийные паразиты гораздо более разнообразны, мы говорим о действительно больших данных," она сказала.