RepeatAnalyzer в состоянии отследить, управлять, проанализировать и занести короткие, повторяющиеся последовательности в каталог бактериальной ДНК.Исследователи использовали программное обеспечение, чтобы характеризовать Anaplasma marginale, перенесенные тиканьем бактерии, который затрагивает коров, и издал их работу в журнале BMC Genomics.
Исследовательская группа включает студентку информатики Хелен Кэйтанезе; Келли Брейтон, Отдел Ветеринарной Микробиологии и Патологии; и Assefaw Gebremedhin, Школа Электротехники и Информатики.Как много типов бактериальных болезнетворных микроорганизмов, A. marginale имеет огромное множество напряжений и широко распределен географически, который делает оспаривание развития вакцины. Ученые используют короткие последовательности повторения ДНК, названной повторениями, чтобы понять бактерии, ее наследственность и географическое распределение и определить, насколько вредный это.
Но для A. marginale, например, исследователи нашли больше чем 235 коротких, повторяющихся последовательностей ДНК. Без любого вида базы данных исследователи должны были взорвать изданную литературу, чтобы отслеживать последовательности. Задача также подвержена ошибкам, когда сделано вручную, сказал Брейтон.«Мы развивали RepeatAnalyzer точно, чтобы устранить тот разрыв», сказал Джебремедхин.
Они разработали программное обеспечение для A. marginale, но это может быть расширено на любые другие разновидности с подобными последовательностями ДНК повторения. Это также обеспечивает инструмент визуализации, таким образом, исследователи могут отследить напряжения на мировую карту, сказал Кэйтанезе.«Это надежное программное средство может питать исследование и сотрудничество и ускорить путь к открытию вакцины», сказал Джебремедхин.RepeatAnalyzer собрал значительный интерес, и сотрудники Брейтона в Южной Африке и Китае уже используют его, сказала она.
«Вот что-то, что было пропущено и не существовало”, сказал Джебремедхин. «Больше, чем что-нибудь, это поможет людям. Когда у Вас есть инструмент, и правильные метрики и анализ, Вы можете найти вещи, которые Вы, возможно, не знали прежде. ”
Исследователи работают, чтобы расширить программное обеспечение, чтобы собрать и обращаться с подобными наборами данных на других бактериях, а также подробно останавливаются на функциональностях визуализации и анализа.