Международная группа ученых под руководством Родерика Гиго из Центра геномной регуляции в Барселоне показала, что изменения в экспрессии генов в различных тканях, вызванные смертью, можно использовать для прогнозирования времени смерти человека. Как сообщается в статье, опубликованной в Nature Communications на этой неделе, исследователи предполагают, что путем анализа нескольких легкодоступных тканей (например, ткани легких или кожи) посмертный интервал (время, прошедшее после смерти) может быть определен со значительной точностью и может иметь значение для судебно-медицинской экспертизы.
Все началось с проекта GTEx, который был направлен на создание справочной базы данных и банка тканей для ученых, чтобы изучить, как варианты генома влияют на активность генов и восприимчивость к заболеваниям. GTEx был разработан для того, чтобы отобрать как можно больше тканей у большого количества людей, чтобы понять причинные эффекты генов и вариантов, а также то, какие ткани способствуют предрасположенности к заболеванию. "Данные GTEx позволяют нам задавать вопросы о генетической изменчивости и ее влиянии на экспрессию генов как в одной ткани, так и во многих тканях. Поскольку все образцы, которые мы используем, взяты от умерших доноров, нам нужно выяснить, были ли изменения в экспрессии генов, связанные со смертью или временем смерти, чтобы мы могли лучше моделировать наши прогнозы вариаций между тканями или заболеванием," объясняет Родерик Гиго, ведущий автор этого исследования и координатор программы биоинформатики и геномики в CRG.
Чтобы понять тканеспецифические изменения экспрессии генов после смерти человека, Родерик Гиго и его коллеги изучили данные секвенирования РНК более 7000 образцов из 36 различных тканей, полученных от 540 доноров в рамках проекта GTEx. Они показывают, что время, прошедшее после смерти, влияет на экспрессию генов и что этот эффект варьируется от ткани к ткани. Авторы разработали модели для прогнозирования посмертного интервала на основе этих тканеспецифичных изменений экспрессии генов с использованием высокопроизводительного секвенирования клетки.
"Мы обнаружили, что многие гены изменяют экспрессию в течение относительно коротких посмертных интервалов, в значительной степени тканеспецифичным образом. Эта информация помогает нам лучше понять вариации, а также позволяет нам идентифицировать транскрипционные события, вызванные смертью в организме," добавляет Педро Дж. Феррейра, выпускник CRG, в настоящее время работает в Институте молекулярной патологии и иммунологии Университета Порту в Португалии.
Исследователи изучили влияние различных ковариат на биологический анализ. Модель может быть дополнительно улучшена, чтобы сделать ее применимой к сценарию судебной экспертизы и разработать протокол для потенциальной реализации в судебно-медицинской патологии.