Исследователи проектировали «лабораторию упорядочивающего генома в чемодане», используя новую программу упорядочения ДНК, транспортировав оборудование меньше чем в 50 кг багажа авиакомпании. Это было первоначально развернуто в Конакри, Гвинея в апреле 2015, где образцы Эболы от пациентов могли быть упорядочены, как только новые случаи были диагностированы. Эта уменьшенная отгрузка задержек в традиционные лаборатории генома часто расположена на различном континенте. Команда нашла, что они могли произвести упорядочивающую информацию всего через 24 часа после получения образца с упорядочивающим процессом, занимающим меньше чем час.
Геном, упорядочивающий при вспышках, полезен, чтобы понять, как вирус развивается. Однако информация должна быть доступной быстро для этой информации, чтобы вести усилия по контролю. Упорядочивая 142 образца от больных Эболой в Гвинее они смогли предоставить очень подробную информацию о том, как случаи были связаны, дав важные представления об эпидемиологах Всемирной организации здравоохранения, борющихся, чтобы остановить передачу вируса.Соавтор исследования доктор Ник Ломен, от Института Микробиологии и Инфекции в Бирмингемском университете, объясненном, «Информация об упорядочивающем генома ценна для исследователей и эпидемиологов во время эпидемии.
Все же создание такой информации является трудоемким процессом, как правило, выполненным в хорошо укомплектованных лабораториях, используя большие, тонкие и дорогие аппаратные средства. Наличие портативной системы упорядочивающего ДНК открывает возможность сделать геном вспышки, упорядочивающий в режиме реального времени, который может непосредственно повлиять на ответе на земле, а также обеспечении богатства информации о патогенной эволюции. Кардинально мы разделили наши данные, поскольку они были произведены, увеличив его использование очень».Доктор Джаред Симпсон от Института Онтарио Исследований рака, также соавтор на исследовании, сказал, «В данной статье мы показали, что можем найти единственные полиморфизмы нуклеотида (SNPs) в целой резолюции генома, используя портативную технологию.
В то время как упорядочивание было до сих пор ограничено лабораторией, это открывает геномное исследование намного большему количеству заявлений во всем мире. Мы надеемся положиться на работу, сделанную в этом исследовании применение его к другим областям, включая исследования рака».
Команда использовала легкую программу упорядочения ДНК MinION от Oxford Nanopore Technologies. Это устройство весит меньше чем 100 г, приведен в действие USB ноутбука, который в настоящее время используется больше чем 1 000 исследователей во всем мире.
Доктор Ломен работал с междисциплинарной командой на основе трех континентов, включая европейские Мобильные Лаборатории, Public Health England и Институт Онтарио Исследований рака. Исследователи работали с другими диагностическими лабораториями и КОГО эпидемиологи основывали в Гвинее.Вспышка Эболы в Западной Африке была самым смертельным возникновением болезни начиная с ее открытия в 1976. Так как первый подтвержденный случай был зарегистрирован 23 марта 2014, более чем 11 000 человек умерли как результат вируса.
Эпидемия, как официально объявляли, была закончена 14 января 2016. Однако только несколько часов спустя, новый случай был подтвержден в Сьерра-Леоне. Новые случаи, когда упорядочено и связано с базой данных предыдущих последовательностей могут дать важные представления относительно их происхождения.
Упорядочивающая лаборатория, в настоящее время располагаемая в Nongo, Гвинея, продолжит предоставлять информацию о наблюдении, пока вспышка, как не будут официально объявлять, будет закончена.