Генетическая изменчивость опухоли может быть предиктором ее агрессивности: чем больше вариабельность экспрессии генов, тем более агрессивной может быть опухоль. Это гипотеза, которую проверяет программа CNIO Structural Biology and Biocomputing, возглавляемая Альфонсо Валенсией, после их результатов о хроническом лимфолейкозе (CLL), опубликованных в журнале Genome Medicine.
Команда проанализировала экспрессию генов у двух групп пациентов с ХЛЛ, наиболее распространенным раком крови у взрослых, который характеризуется перепроизводством В-лимфоцитов в костном мозге и лимфатических узлах. Этот рак подразделяется на два подтипа с очень разными клиническими исходами: с одной стороны, пациенты с мутациями гена IgVH имеют хороший прогноз – болезнь менее агрессивна, прогрессирует очень медленно и обычно не требует лечения – и выживают более 20 лет; с другой стороны, пациенты с немутантным ХЛЛ имеют более агрессивное заболевание, которое прогрессирует быстрее, и средняя выживаемость составляет менее 10 лет.
Исследователи изучили в общей сложности 70 мутировавших и 52 немутантных образца ХЛЛ, а также 20 контрольных образцов, взятых у здоровых людей. В свете своих выводов команда пришла к выводу, что немутантный лейкоз, i.е. более агрессивный тип демонстрирует повышенную вариабельность экспрессии генов у разных людей; тогда как вариабельность экспрессии генов ниже при менее агрессивном мутированном лейкозе. Эти наблюдения были дополнительно подтверждены путем сравнения их со второй группой образцов, состоящей из 24 мутированных и 36 немутантных образцов ХЛЛ.
"Наш вывод заключается в том, что коэффициент вариации экспрессии генов при ХЛЛ эффективно предсказывает его агрессивность," объясняет Альфонсо Валенсия. "Что еще более важно, если дальнейшие исследования подтвердят эти выводы, можно создать классификатор, основанный на измерении вариабельности экспрессии генов, для прогнозирования подтипа заболевания у пациентов с ХЛЛ."
500 генов, ответственных за агрессивность
В исследовании агрессивность ХЛЛ конкретно определяется набором из 500 генов, демонстрирующих повышенную вариабельность экспрессии у разных людей. Эти гены участвуют в таких процессах, как адаптация к окружающей среде, гибель клеток, рост опухоли и устойчивость к лекарствам. Следующим шагом команды является обнаружение механизма (ов), ответственного за высокий уровень вариабельности экспрессии данного гена у разных людей.
Понимание механизмов, лежащих в основе этого явления, имеет решающее значение для онкологических исследований, поскольку оно связано с неоднородностью опухоли, ключевой особенностью прогрессирования рака и лекарственной устойчивости: чем больше генетическая изменчивость в опухоли, тем лучше она будет адаптироваться к среде, в которой он растет, и тем больше вероятность того, что эта опухоль распространится, выработает устойчивость к лечению рака и метастазирует в отдаленные органы.