Рак желудка не получает такой же огласки, как рак легких или груди, но это угроза здоровью, к которой нужно относиться очень серьезно. "Рак желудка является второй ведущей причиной смертности от рака во всем мире, с ежегодным уровнем смертности более 700 000 человек," объясняет Патрик Тан из Сингапурского института генома A * STAR. Он отмечает, что это заболевание особенно распространено в Азии; рак желудка – пятое место среди сингапурских мужчин по распространенности.
Удивительно мало известно о биологических триггерах образования опухоли желудка. Тан недавно возглавил большую международную команду исследователей, которые определили генетические факторы риска для этого конкретного рака. Они провели массивный скрининг мутаций, секвенировав 18000 генов в 15 различных опухолях и сравнив их с эквивалентными последовательностями из соседней доброкачественной ткани.
Результаты оказались поучительными. Например, хотя половина всех случаев рака желудка связана с инфицированием бактерией Helicobacter pylori, не было очевидных различий в мутационных профилях от H. pylori-положительные и отрицательные опухоли. Однако Тан отмечает, что это также может быть результатом ограниченного размера выборки. В целом исследователи обнаружили поразительное разнообразие в своих выборках, но также обнаружили закономерности при ближайшем рассмотрении. "Хотя большинство отдельных генов были мутированы только в небольшом количестве образцов – обычно менее 10% – многие из генетических аномалий представляли разные компоненты одного и того же функционального пути," говорит Тан.
Многие мутации, наблюдаемые командой, влияют на пути клеточной адгезии, что может влиять на прогрессирование опухоли и метастазирование. Один из генов этого пути, FAT4, привлек внимание исследователей; лабораторные эксперименты подтвердили, что нарушение этого гена придает клеткам онкогенные свойства. Тан и его коллеги впоследствии идентифицировали мутации FAT4 в геномных данных от различных других видов рака. Они также идентифицировали другой ранее неизвестный ген-супрессор опухолей, ARID1A; что важно, этот ген действует в связанном с раком сигнальном пути, на который нацелены существующие лекарства, что позволяет предположить, что он может служить клинически полезным индикатором для планирования лечения пациента.
В своем постоянном анализе геномного ландшафта рака желудка Тан и его коллеги теперь будут исследовать основные структурные изменения, в том числе дублированные, удаленные или перевернутые участки хромосомы, а также изменения в том, как хромосомная ДНК становится химически модифицированной. В совокупности эти данные могут в конечном итоге стать удобным атласом для онкологов. "Мы надеемся применить эти технологии к пациентам с раком желудка, проходящим лечение в клинических испытаниях, для определения точных молекулярных предикторов рецидива заболевания и ответа на лечение," говорит Тан.