Консорциум ученых, которые применяют новый подход в своих исследованиях для выявления генетических вариаций, предрасполагающих людей к диабету 2 типа, представил обновленную информацию о своих выводах на встрече Американского общества генетики человека (ASHG) в 2012 году.
Среди новых характеристик проекта – этническое разнообразие 10 000 человек, чьи экзомы, 18 000 генов, кодирующих белок, секвенируются.
Исследователи набрали 5000 человек с диабетом 2 типа (СД2) из пяти основных групп происхождения: афроамериканцев, восточноазиатских, европейских, испаноязычных и южноазиатских. В исследуемую популяцию также входит такое же количество контрольных лиц из тех же групп происхождения, у которых нет СД2.
"Наша гипотеза состоит в том, что скрининг экзома в ряде различных этнических групп увеличивает диапазон вариантов каждого исследуемого гена и, таким образом, улучшает нашу способность обнаруживать гены, демонстрирующие различия в паттернах кодов ДНК для белков между людьми с диабетом 2 типа и контроль," сказал T.M. Теслович, к.D., научный сотрудник статистической генетики в Мичиганском университете, представивший исследование на ASHG 2012.
Исследование является одним из трех проектов в рамках спонсируемого NIH исследования T2D-GENES (генетическое исследование диабета 2 типа путем секвенирования следующего поколения в мультиэтнических образцах).
Подход ученых также позволит им определить, существуют ли варианты риска СД2, уникальные для группы предков.
Первоначальный анализ данных о 3500 афроамериканцах, восточноазиатских и южноазиатских лицах выявил около 1 человека.6 миллионов однонуклеотидных вариантов (SNV), 71.5% из которых ранее были неизвестны.
"Всего около 89000, или 5.6%, из 1.6 миллионов вариантов присутствуют во всех трех группах," сказал доктор. Теслович.
Около 35.4% этих SNV были уникальными для афроамериканцев, а 35.4% и 30.6% произошли только в выборках из Восточной Азии и Южной Азии, соответственно. Доктор. Теслович указал, что их анализ является слишком предварительным, чтобы утверждать, что эти популяционно-специфические варианты связаны с СД2 и вносят свой вклад в риск заболевания в одной популяции.
К концу 2012 года исследователи завершат секвенирование, начатое в 2011 году. Теслович сказал. "Всего на данный момент секвенировано около 5300 человек, половина из которых страдает диабетом 2 типа, а половина – контрольной," она добавила.
Сравнивая ДНК людей с СД2 и контрольной группы, ученые надеются выделить гены или варианты, которые увеличивают или уменьшают предрасположенность человека к развитию заболевания, сказал доктор. Теслович.
"Уникальный дизайн исследования позволит составить каталог вариаций, включая аллели, распространенные в популяции, а также те, которые наблюдаются только у небольшого числа людей. Мы рассмотрим каждый из вариантов, чтобы определить, какие из них могут повлиять на индивидуальный риск развития диабета 2 типа," сказал доктор. Теслович.
"В дополнение к общему анализу экзома, мы фокусируем усилия на детальном картировании в областях, связанных с диабетом, таких как глюкоза натощак и инсулин," она добавила. "Мы ожидаем, что анализ полного набора данных приведет к идентификации причинных генов и вариантов."
Помимо SNV, исследователи ищут вставки или делеции последовательности ДНК в генах, а также неправильное количество целых генов. Последнее называется вариациями количества копий.
Все данные о последовательности ДНК и медицинская информация будут депонированы в dbGaP, репозиторий для взаимоотношений генотип-фенотип, спонсируемый Национальным центром биотехнологической информации NIH. T2D-GENES финансируется Национальным институтом диабета, болезней органов пищеварения и почек NIH и Национальным исследовательским институтом генома человека.
В общей сложности 75 ученых из 27 университетов и других учреждений проводят исследования T2D-GENES. Основными исследователями T2D-GENES являются Майкл Бёнке, Ph.D., Университет Мичигана; Марк Маккарти, M.D., Оксфордский университет; Давид Альтшулер, M.D., Ph.D., Широкий институт Гарварда и Массачусетского технологического института; Равиндранат Дуггирала, доктор философии.D., Техасский институт биомедицинских исследований; и Крейг Хэнис Ph.D., Техасский университет в Хьюстоне. Доктор. Маккарти и Нэнси Кокс, доктор философии.D., Чикагский университет, возглавьте комитет по анализу этого проекта.