Международная команда исследователей создала подробную картину последних стадий вспышки в Сьерра-Леоне, используя упорядочивание в реальном времени геномов вируса Эбола, выполненных во временной лаборатории в стране.В то время как исследование не предположило, что нетрадиционная передача была более распространена, чем ранее мысль, авторы описывают несколько случаев включая мать, которая, возможно, перенесла Эболу ее ребенку через кормление грудью и выжившему после Эболы, который передал вирус сексуально спустя месяц, после этого будучи освобожденным от карантина. [Больше деталей случаев в примечаниях редакторам].Исследование, изданное в журнале Virus Evolution, предполагает, что быстрое упорядочивание вирусных геномов посреди эпидемии могло играть жизненно важную роль в подчинении контролю будущих вспышек, позволяя рабочим здравоохранения быстро проследить новые случаи до их источника.Сьерра-Леоне было наиболее широко затронуто из трех западноафриканских стран, испытывающих наибольшие трудности из-за эпидемии Эболы с 14 124 случаями и 3 956 смертельными случаями до настоящего времени.
Без эффективных вакцин или лечения инфекции, подчиняя контролю эпидемию положился в основном на меры по здравоохранению, такие как быстрая идентификация и изоляция больных Эболой, свяжитесь с отслеживанием и карантином, а также ободрительными безопасными методами похорон.Серединой 2 015 случаев в этих трех больше-всего-пострадавших-странах уменьшился, но единичные случаи болезни продолжали появляться, даже при том, что все известные цепи передачи, как думали, были погашены.Исследователи во главе с Институтом Кембриджского университета и Wellcome Trust Sanger начали исследовать эти случаи во временном средстве для упорядочивающего генома, настроенном профессором Иэном Гудфеллоу. Базирующийся в палатке в Центре лечения Эболы в Makeni, Сьерра-Леоне, средство обеспечило в стране упорядочивающую способность обработать образцы от пациентов в Makeni и окрестностях в режиме реального времени без потребности в типовой отгрузке за границей.
Команда произвела 554 полных последовательности генома Эболы от образцов крови, относящихся ко рту или щеке швабр, спермы и грудного молока, собранного между декабрем 2014 и сентябрем 2015 от изоляции Эболы и центров лечения на севере и западе страны. Они были объединены с 1 019 образцами, упорядоченными другими группами, чтобы создать картину вирусных вариантов, существующих в Сьерра-Леоне.Они нашли, что в течение 2015 по крайней мере девять различных происхождений вируса циркулировали в Сьерра-Леоне, восемь из которых развитый из единственного варианта, который ввел Эболу стране в июне 2014.
Остающиеся вирусы произошли из отдельного, географически отличного происхождения, которое произошло в Гвинее.Старт в середине 2 015 образцов от всех новых случаев Сьерра-Леоне был быстро упорядочен в средстве.
Данные, объединенные с растущим множеством элементарных исходов, помогли полевым рабочим определить местонахождение источника инфекции для некоторых заключительных случаев Эболы в Сьерра-Леоне. Эта работа показала, что некоторые случаи были приобретены через нетрадиционные цепи передачи, и поддерживает растущий корпус данных, которым вирус Эбола может быть найден в жидкостях, таких как сперма или грудное молоко и может упорствовать вне стандартных карантинных времен.
Ведущий автор профессор Иэн Гудфеллоу, из Кембриджского университета, сказал: «Во время начальной части эпидемии Эболы несколько команд упорядочивали образцы, но задержки, вызванные, отправляя образцы из Западной Африки, мешали использовать данные о последовательности для исследования новых цепей передачи. Часто к тому времени, когда данные были изданы, образцам было шесть месяцев.
Чтобы быть в состоянии быстро определить источник новых случаев, мы должны упорядочить образцы и данные о выпуске в режиме реального времени, образцы акции и обменяться данными, поскольку это произведено».Доктор Мэтью Коттен, совместный ведущий автор, от Института Wellcome Trust Sanger добавил: «Во время эпидемии, объединяющей наши последовательности генома вируса Эбола с данными из других групп, обеспечил понимание, как вирус развивался и способствовал важной ссылке для отслеживания источника новых случаев. В то время как вспышка прогрессировала, наши данные также показывают, что карантин, пограничный контроль и методы проверки были эффективными, когда движение вируса в и между странами прекратилось».
Упорядочивающее средство, настроенное командой, было теперь перемещено в Университет Makeni, где это формирует координационный центр новой Научно-исследовательской лаборатории Инфекционного заболевания Унимака. Средство предоставляет обучение мирового класса местным студентам и ученым, который оказался крайне важным для упорядочивания недавних новых случаев Эболы, когда никакие международные сотрудники не присутствовали.Доктор Джереми Фаррар, директор Wellcome Trust, сказал: «Тесный контакт с зараженным человеком – все еще безусловно наиболее распространенный способ к Эболе, чтобы распространиться, но это исследование поддерживает предыдущее исследование, предполагающее, что вирус может упорствовать в биологических жидкостях в течение долгого времени после восстановления.
Эти необычные способы передачи, возможно, способствовали изолированным вспышкам инфекций к концу эпидемии.«Успех этого инновационного проекта показывает, как важный это должно выполнить геном, упорядочивающий в пострадавших странах, и для данных, которые будут разделены быстрым и открытым способом как часть эпидемического ответа.
Укрепление лаборатории и средств для наблюдения, где им в настоящее время недостает, также поможет раннему обнаружению, делая мир лучше подготовленным к вспышкам инфекционного заболевания».